皖南医学院综合档案室成立于1988年，隶属于办公室。经过多年发展，形成了一支政治素质过硬和业务素质较强的专兼职档案队伍，现有在编专职档案人员4人，兼职档案员38人。
     2006年11月，位于新校区的图书信息大楼九楼综合档案室落成并投入使用, 面积1000余平方米。综合档案室实行库房、调阅、整理、办公四分开，配备有计算机、服务器、传真机、打印机、复印机、刻录机、数码相机、扫描仪、空调、去湿机、碎纸机、密集架、档案柜、底图柜等现代化办公设备和自动灭火装置及防盗门，档案工作保障条件良好。 

     综合档案室的主要职责是：贯彻执行国家有关档案工作的法律法规和方针政策，综合规划学校档案工作；制定学校档案工作的规章制度，并负责贯彻落实；负责对全校的档案工作进行监督、检查和指导；负责接收（征集）、整理、鉴定、分类、归档、统计、查询等工作；保管全校的各类档案和有关资料；组织实施档案信息化建设和电子文件归档工作；开展档案的开放和利用工作；开展学校兼职档案员业务培训；承担学校基层教育统计工作及法人证、组织机构代码证的办理、更换工作；承担校史馆的日常管理。
    我校综合档案室室藏包括皖南卫生技术学校（1951年2月―1952年11月）、芜湖卫生学校（1952年12月―1958年9月）、芜湖医学专科学校（1958年10月―1970年1月）、并入安徽医学院（1970年2月―1971年6月）、安医皖南分院（1971年7月―1974年7月），皖南医学院（1974年8月―至今）等历史时期档案，同时另藏有皖南医学院附设护士学校教学档案（1977年8月―2003年3月）。截止2022年底，室藏档案58102卷，428916件。数字化档案38万余件。

     我校档案采用《档案实体分类法》进行整理分类，共有党群、行政、教学、科研、基建、设备、出版、财会、外事、声像、实物十一门类档案，室藏档案结构合理、管理科学、利用方便。综合档案室1999年购进档案管理软件（津科），2005年在全省高校中率先使用档案管理软件网络原件版，建立了校内档案局域网，初步实现了档案信息的网络化管理。经过多年努力，综合档案室编纂了《组织机构沿革》、《大事记》、《基础数字汇编》、《档案工作暂行办法汇编》、《皖医历史上的第一缉录》、《科研成果省厅级暨以上获奖目录》、《体育比赛获奖情况》、《弋矶山医院荣誉录》等多种档案编研。还编印了《1998年-2007年皖南医学院规章制度汇编》，《2005――2007年文件选编》等多种档案综合文本，有效支撑了档案服务工作，为学校落实政策、基本建设、编写校史、举办展览、职称评定、教学评估以及工作查考等提供了重要依据，在学校党务、行政管理、教学、科研等各项工作中发挥了作用。
      2008年，综合档案室利用档案资料提供撰写《皖南医学院校史》、编印出版了《皖南医学院画册》，建成了校史展览馆。展览馆内有领导关怀、发展历程、教育教学、科学研究、名师展示、院系介绍、对外交流、校友风采、党的建设、和谐校园、附属医院、未来展望12个展示区域,展示了皖医办学50余年来的发展历程，提升了校园文化品位，推动了校园文化建设。 

     1999年，省教育厅档案专家组来我校综合档案室实地检查，通过评估，我校档案工作获得总分第一,同年被中共芜湖市委、市政府评为先进集体,2000年，综合档案室在芜湖高校中率先升为省部级档案管理科技事业单位，2003-2010年我校档案工作连续八年在芜湖市档案年检中获得优秀评价。2012年购入南大之星档案管理软件。2013年度安徽省省直单位档案工作年检中，被评为“优秀”等级。2017年获芜湖首届档案专业知识技能竞赛中获团体二等奖。2018年扩建校史馆，目前有11个展厅，占地约500平米；资料提供重新撰写《皖南医学院校史》和《皖南医学院画册》。2019年成立皖南医学院首届校史馆学生讲解团。